Trailer ufficiale di Ghost in the Shell: Stand Alone Complex.

La storia si dipana nel 2030, quando la scienza cibernetica, grazie all'utilizzo delle nano-tecnologie si è evoluta ad un punto tale che la maggior parte della popolazione ha almeno un innesto bio-meccanico. I programmi d'intelligenza artificiale hanno fatto progressi impensati e sono applicati su qualsiasi tipo d'utensile. Le nuove tecnologie però non hanno solamente migliorato la qualità di vita, hanno anche creato nuovi pericoli come ad esempio cyber-terroristi, ladri di cervelli e problemi derivanti da bachi di programmazione nelle intelligenze artificiali.
Per contrastare queste minacce Daisuke Aramaki ha fondato la Nona Sezione di Polizia Cibernetica: un corpo scelto d'agenti specializzato nell'affrontare situazioni problematiche derivanti dall'uso distorto delle nuove tecnologie. A capo del team operativo più efficiente vi è Motoko Kusanagi, una donna il cui corpo è completamente cibernetico: solamente i suoi cervello e midollo spinale sono umani. La serie si compone sia di episodi che narrano un storia a sé stante (Stand Alone) che episodi che sviluppano un filone comune (Complex), che raccontano il tentativo della Nona Sezione di sventare una intricata cospirazione messa in atto da un hacker chiamato “L’uomo che Ride”. Fil rouge della serie sono i numerosi momenti di azione, investigazione e gli spunti quasi teologici sull’essenza di essere cyborg.