L'idea di Anno era:
Prendiamo un otaku, diamogli degli amici, una tutrice figa, delle ragazze che gli gironzoli intorno e che gli facciano venir voglia di approfondire dei legami con l'altro sesso, facciamolo sentire apprezzato e accettato, poi poco alla volta gli togliamo tutto e vediamo come si comporta.
Il suo pensiero è stato sviscerato nella trama a questo modo anche a causa di un periodo di depressione che ha passato, e a causa del quale per alcuni episodi era stato anche estromesso dalla regia, per poi rientrare nuovamente.
Finita la crisi depressiva, nonostante fossero agli sgoccioli i fondi, Anno ha voluto dare una visione positiva del finale. Shinji ha la possibilità di cancellare tutto e di crearsi il mondo che più gli aggrada (quello con Asuka compagna di scuola, Misato proff e Rei nuova arrivata o qualsiasi altro mondo desideri) ma Shinji decide comunque di accettare quel che è, tornando alla sua realtà e affrontandola, per questo tutto il cast di Eva si complimenta con lui per la sua scelta di crescere e di aprirsi al mondo.
La scelta di Shinji, che nel film diventa per qualche minuto un dio onnipotente con possibilità infinite, viene mostrata nella forma fisica, con la scelta di tornare nel mondo con la sua carne e le sue ossa ed accettare ed affrontare le cose spiacevoli.